有争议的土地农作物被破坏

在协商解决土地纠纷时，双方根据协商结果签订的协议，在法律上具有一定的约束力。这种协议相当于一份民事合同，只要双方自愿、平等、合法地达成，就受到《中华人民共和国民法典》合同编的保护。特别是《民法典》第四百六十五条明确规定，依法成立的合同，受法律保护。因此，协商解决土地纠纷时签订的协议，只要符合法律规定，便具有法律效力。
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在政府处理和法院起诉之间选择时，应视情况而定：若纠纷涉及复杂的法律关系或政府处理可能更快捷，可先尝试政府处理；若对政府处理结果不满或希望获得更公正的裁决，可在规定时间内向法院起诉。
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从法律角度，保护被破坏的农作物及土地权益，首先应收集证据，如拍照、录像等，证明损害事实；其次，尝试与对方协商解决，或请求政府介入调解；最后，若协商无果，可依据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律，向法院提起诉讼，要求赔偿损失并恢复土地原状。